宇土駅は、JR九州の鹿児島本線と三角線の分岐駅となっています。
構内は1面3線で上下停車列車が一面のホームを共用しており、路線別にのりばがわかれていることはありません。構内南側に分岐点・分離点があり、分岐した三角線は右へ右へと90°程度カーブし三角へ向かっていきます。
三角線列車は全て熊本まで乗り入れており、宇土駅を始発終着とする列車はありません。

分岐の配線　　：標準型
構内配線の分類：方向別

※分岐駅の形態別分類 http://railscape.blue.coocan.jp/junction/junction-3.htm
　鉄路ノ景/分岐の景 http://railscape.blue.coocan.jp/junction/junction-2.htm
　鉄路ノ景 http://railscape.blue.coocan.jp/railscape_top.htm